Así como las aves son animales fáciles de observar por mantener hábitos principalmente diurnos, ser bastante activas y permitir cierto acercamiento confiadas en la defensa que les brinda el vuelo, los mamíferos son nocturnos o crepusculares, huidizos y, por tanto, difíciles de avistar en libertad.

Sobre la quebrada superficie de esta comarca viven muchos de los seres característicos de la región Mediterránea. Debido a su carácter retraído, se detecta la existencia de algunos mamíferos únicamente por sus rastros y señales, bien sean huellas, excrementos, o el hallazgo de sus cadáveres. Si hay un animal que destaca, por ser abundante para esta latitud, es el corzo (Capreolus capreolus).
Se trata de un pequeño cérvido representativo de Centro Europa, que es frecuente en el norte de la Península y desaparece rápidamente al desplazarnos hacia el sur.

Sin duda, la buena presencia de robledales densos y frescos, más acordes con la región eurosiberiana, propicia que Villuercas-Ibores sea una de las pocas comarcas del sur peninsular donde los corzos mantienen poblaciones esperanzadoras.

Es posible verle a primera hora de la mañana o última de la tarde en las zonas más verdes y frondosas, aunque su pequeño tamaño (apenas 30 Kg.) y la actitud de quedarse inmóvil cuando presiente peligro, dificultan bastante su observación.

A veces, al viajar de noche, se interrumpe la monotonía de la oscuridad con la aparición de algún ciervo (Cervus elaphus), jabalí (Sus scrofa), zorro (Vulpes vulpes), garduña (Martes foina), gineta (Genetta genetta), tejón (Meles meles) o gato montés (Felis silvestris), que al ser sorprendidos cuando cruzan las carreteras, permiten una visión fugaz y alegre hasta perderse pronto en la oscuridad.

La nutria (Lutra lutra), catalogada especie "de interés especial", disfruta de las condiciones ideales que le ofrecen los cursos medios de los ríos, donde sus poblaciones se mantienen, en contraposición con lo que sucede a nivel general en la mayoría de su área de distribución.

En el bosque y matorral mediterráneo, el depredador terrestre cuya visión más anhelan expertos y profanos es el lince ibérico (Lyns pardina). Los datos recopilados llevan a la conclusión de que nunca ha sido un animal frecuente en la comarca, pero sólo su presencia puntual y esporádica es digna de mención. Limitamos con dos núcleos de población típicos de la especie: Monfragüe y Los Montes de Toledo, que están, como la mayoría, en una situación precaria. Tan sólo medidas inmediatas de protección radical para sus hábitats ocupados y de mejora de las poblaciones de conejo pueden evitar que desaparezca para siempre este bello felino, catalogado "en peligro de extinción". Recientemente, la construcción de la Autovía de Extremadura, que separa Monfragüe de Villuercas, y las alambradas que bordean esta vía de comunicación suponen una barrera casi infranqueable para los grandes mamíferos.

Aunque la construcción de los túneles de Miravete (con una longitud de 1.200 m.), ha permitido que se establezca un corredor libre, han disminuido las expectativas de un contacto o dispersión de las poblaciones de lince ibérico, convirtiéndose este beneficio social en un duro golpe para la especie.